Fiji plugin that connects segmentation, ROI editing, and measurement in a single workflow.
Plugins > Spot Quantifier Workflow を起動すると、seed 作成、seed ROI 編集、area/result ROI 作成、measurement までをひとつのウィンドウで実行できる。
- Seed — seed threshold と size filter で seed ROI を作成
- Seed Edit — ROI Explorer を内蔵したタブで seed ROI を確認・編集
- Area / Result — 編集済み seed ROI を入力にして area threshold / watershed で result ROI を作成
- Measurement — result ROI を対象に 3D 計測し、CSV 出力
以下の JAR が Fiji の plugins/ に必要。
| JAR | バージョン | 入手先 |
|---|---|---|
ROI_Explorer_Fiji.jar |
0.1.0-SNAPSHOT | 下記「ROI Explorer のビルド」参照 |
MorphoLibJ_.jar |
1.6.2 | Fiji > Help > Update > Manage update sites > IJPB-plugins |
セグメンテーションコアはこのプロジェクトに同梱されており、別途配布不要。 ImageJ 本体は 1.54p 以降を前提とする。
git clone https://github.com/kusumotok/ROI_Explorer.git
cd ROI_Explorer
mvn install -DskipTestscd ../Spot_Quantifier_Workflow
mvn package -DskipTests# 両 JAR を Fiji の plugins/ にコピー
cp target/Spot_Quantifier_Workflow.jar <Fiji.app>/plugins/
cp ~/.m2/repository/io/github/kusumotok/roi-explorer-fiji/0.1.0-SNAPSHOT/roi-explorer-fiji-0.1.0-SNAPSHOT.jar \
<Fiji.app>/plugins/ROI_Explorer_Fiji.jarWindows の場合、Maven ローカルリポジトリのデフォルトパスは
%USERPROFILE%\.m2\repository\io\github\kusumotok\roi-explorer-fiji\0.1.0-SNAPSHOT\
Seed ROI 作成時に project folder が作成され、以降の seed/result/measurement は同じ project folder に保存される。
<project folder>/
seed_rois/
obj-001.zip # seed object 単位の ROI (ZIP-fast / ZIP-compressed / Folder を選択可)
obj-002.zip
...
result_rois/
obj-001.zip # result object 単位の ROI。seed と同じ object 名を維持
obj-002.zip
...
parameters.txt # segmentation パラメータ (key=value)
measurement.csv # 計測結果
Load Project... で既存 project folder を読み込むと、seed_rois/ と result_rois/ を再利用できる。
Show in Explorer は現在の project folder を開く。
Seed タブでは bound image の channel を選び、histogram と seed threshold で seed 候補を作る。
Apply Preview は threshold 変更時に必要で、raw seed component と size 情報をキャッシュする。
Size filter は Apply 後の cache に対して再分類するため、Z projection の再計算なしで preview を更新できる。
Hide preview noise < は preview 表示だけのノイズ抑制で、出力 ROI には影響しない。
Manual edit では Manual Include / Manual Exclude で seed を手動採用・除外できる。
manual edit 後は threshold と size filter がロックされ、Clear Manual Picks で解除する。
Make / Update Seed ROI は現在の preview/cache に基づいて seed_rois/ を保存する。
Seed Edit タブには ROI Explorer が埋め込まれており、seed_rois/ を編集できる。
このタブでは original 3D image 側は ROI Explorer の overlay を使い、Z-proj 側には seed preview を維持する。
Area / Result タブは Seed Edit で編集された seed_rois/ を seed label image として読み込み、area threshold と 3D options で result ROI を作成する。
Apply Preview は area preview を表示し、Make Result ROI は result_rois/ に保存する。
Measurement タブは result_rois/ を対象に計測する。
result_rois/ がない状態で Measure した場合は、result ROI を作成してから測定するかを確認する。
| クラス | 役割 |
|---|---|
WorkflowWindow |
メインウィンドウ（Seed, Seed Edit, Area / Result, Measurement） |
WorkflowController |
state machine (IDLE / SEGMENTING / SAVING_ROI / MEASURING / READY) |
WorkflowSession |
現在の project folder・bound image・seed/result ROI root |
SegmentationTab |
Seed / Area の UI（ヒストグラム・スライダー・プレビュー・manual seed edit） |
SegmentationController |
SeededQuantifier3D 実行・seed/result ROI 保存 |
MeasurementController |
RoiExplorerFacade.measureCurrentRoot() 呼び出し |
MeasurementTab |
計測列選択・CSV 出力設定 |
save/ |
ResultFolderService / RoiSaveService / ParameterFileWriter / ParameterFileReader |
core/ |
セグメンテーションコア（同梱）: alg/ model/ roi/ ui/ util/ |
ROI Explorer の埋め込み
ROI_Explorer_Fiji.jar の RoiExplorerPanel（JPanel）を Seed Edit タブに直接埋め込む。
provided scope で依存しているため、ビルド時は mvn install が必要。
プレビュー
seed/result の候補を disk に書かずに overlay で確認できる。
Seed threshold 変更時は Apply Preview が必要。
Seed size filter と preview noise filter は cache 上の再分類なので、Z projection の再計算を避けられる。
タブ移動後も cache があれば該当 preview を再表示する。
保存先（Save to） デフォルトは bound image と同じディレクトリに自動追従。 Seed タブの Browse で固定可能。 Project folder name は project folder 作成時に使われる。
計測列の選択 Measurement タブのチェックボックスで列を選択すると、CSV 出力だけでなく計算自体もスキップされる（無効な列は voxel loop 内の処理を省略）。