feat: VHS annotation tool

[laura-borghesi-lum00n]

No description provided.

[gemini-code-assist]

Summary of Changes

Hello, I'm Gemini Code Assist¹! I'm currently reviewing this pull request and will post my feedback shortly. In the meantime, here's a summary to help you and other reviewers quickly get up to speed!

Questa pull request introduce una significativa funzionalità per l'analisi delle immagini mediche, aggiungendo uno strumento di annotazione per il calcolo del Vertebral Heart Score (VHS). Questo strumento facilita la valutazione cardiaca fornendo un processo guidato e automatizzato per misurare punti anatomici chiave e calcolare un punteggio standardizzato, migliorando l'efficienza e la precisione diagnostica.

Highlights

• Nuovo Strumento di Annotazione VHS: È stato introdotto un nuovo strumento di annotazione per il calcolo del Vertebral Heart Score (VHS), che guida l'utente attraverso un processo di misurazione in più fasi.
• Misurazione Multi-Fase: Lo strumento implementa una macchina a stati per definire sequenzialmente i punti di misurazione vertebrale, dell'asse lungo e dell'asse corto, garantendo un flusso di lavoro guidato.
• Calcolo Automatico del VHS: Il tool calcola automaticamente il Vertebral Heart Score basandosi sulle misurazioni effettuate, fornendo un risultato finale visualizzato sull'immagine.
• Visualizzazione delle Proiezioni: Sono state aggiunte funzionalità per visualizzare le proiezioni degli assi lungo e corto sulla linea vertebrale, con indicatori visivi per chiarezza.
• Integrazione del Tool: Il nuovo VHSAnnotationTool è stato integrato nel set di strumenti predefiniti dell'applicazione, rendendolo disponibile per l'uso.

Changelog

• imaging/tools/custom/VHSAnnotationTool.ts
  • Aggiunta la classe VHSAnnotationTool, che estende BaseAnnotationTool.
  • Implementata una macchina a stati (MeasurementState) per guidare l'utente attraverso il processo di misurazione VHS in più fasi.
  • Definito createNewMeasurement per inizializzare i punti di controllo (handles) e le statistiche memorizzate nella cache per il calcolo del VHS.
  • Inclusi mouseMoveCallback, mouseDragCallback, mouseUpCallback e preMouseDownCallback per gestire l'interazione dell'utente durante la misurazione.
  • Sviluppato renderToolData per disegnare la linea di riferimento vertebrale, l'asse lungo, l'asse corto e le relative caselle di testo sulla tela.
  • Aggiunti i metodi drawProjectionVisualization e drawTick per la rappresentazione visiva delle proiezioni.
  • Implementato updateCachedStats per calcolare la lunghezza vertebrale, le lunghezze degli assi lungo/corto, le proiezioni e il VHS finale.
  • Forniti pointNearTool, isPointNearHandle, isPointNearLine e distanceToLineSegment per il rilevamento dell'interazione con i punti di controllo e le linee.
  • Incluso getHandleNearImagePoint per identificare i punti di controllo attivi.
• imaging/tools/default.ts
  • Importato VHSAnnotationTool.
  • Aggiunto VHSAnnotation alla configurazione DEFAULT_TOOLS.
  • Registrato VHSAnnotationTool nell'oggetto dvTools.
• imaging/tools/types.ts
  • Espansa l'interfaccia Handles per includere le proprietà vertebralStart, vertebralEnd, longAxisStart, longAxisEnd, shortAxisStart e shortAxisEnd.

Activity

• Nessuna attività umana registrata su questa pull request finora.

Using Gemini Code Assist

The full guide for Gemini Code Assist can be found on our documentation page, here are some quick tips.

Invoking Gemini

You can request assistance from Gemini at any point by creating a comment using either /gemini <command> or @gemini-code-assist <command>. Below is a summary of the supported commands on the current page.

Feature	Command	Description
Code Review	/gemini review	Performs a code review for the current pull request in its current state.
Pull Request Summary	/gemini summary	Provides a summary of the current pull request in its current state.
Comment	@gemini-code-assist	Responds in comments when explicitly tagged, both in pull request comments and review comments.
Help	/gemini help	Displays a list of available commands.

Customization

To customize Gemini Code Assist for GitHub experience, repository maintainers can create a configuration file and/or provide a custom code review style guide (such as PEP-8 for Python) by creating and adding files to a .gemini/ folder in the base of the repository. Detailed instructions can be found here.

Limitations & Feedback

Gemini Code Assist may make mistakes. Please leave feedback on any instances where its feedback is incorrect or counter productive. You can react with 👍 and 👎 on @gemini-code-assist comments. If you're interested in giving your feedback about your experience with Gemini Code Assist for GitHub and other Google products, sign up here.

You can also get AI-powered code generation, chat, as well as code reviews directly in the IDE at no cost with the Gemini Code Assist IDE Extension.

Footnotes

1. Review the Privacy Notices, Generative AI Prohibited Use Policy, Terms of Service, and learn how to configure Gemini Code Assist in GitHub here. Gemini can make mistakes, so double check it and use code with caution. ↩

[gemini-code-assist]

Code Review

This pull request introduces a new VHSAnnotationTool for vertebral heart score measurements. The implementation is well-structured, using a state machine to guide the user through the multi-step measurement process. The changes also include registering the new tool and updating type definitions.

While the tool is a great addition, I've identified several areas for improvement. There is a critical bug related to a potential division-by-zero error in the statistics calculation that should be addressed. Additionally, I've noted opportunities to enhance performance by throttling image updates, improve maintainability by refactoring duplicated code, and increase type safety by replacing any types with specific interfaces. The use of hardcoded strings for user instructions should also be revisited for better internationalization and user experience.

[github-actions]

🔍 Cypress Test Results

Status: ✅ All tests passed
Pass Rate: 100.00% ✅
Total Tests: 32
Passed: 32
Failed: 0
Pending/Skipped: 0
Duration: 154.32s

📊 Test Suite Details

Suite	Status	Pass %	Total	Passed	Failed	Pending
Root > Testing the base.html functionalities	✅	100.00%	13	13	0	0
Root > Larvitar DICOM Viewer	✅	100.00%	1	1	0	0
Root > Larvitar - Default Tools Example	✅	100.00%	3	3	0	0
Root > Larvitar DSA Rendering	✅	100.00%	2	2	0	0
Root > Larvitar ECG Rendering	✅	100.00%	6	6	0	0
Root > Larvitar Multiframe Rendering	✅	100.00%	4	4	0	0
Root > Larvitar DICOM PDF Rendering	✅	100.00%	1	1	0	0
Root > Testing the 4d.html functionalities	✅	100.00%	2	2	0	0

[github-actions]

🧪 Type Coverage

93.43% ✅

(20770 / 22230)

███████████████████░ 93.43%
Target: 90%

Top hotspots (untyped occurrences)

File	Uncovered
imaging/imageRendering.ts	240
imaging/imageUtils.ts	142
imaging/parsers/nrrd.js	138
imaging/imageTools.ts	112
imaging/imageParsing.ts	100

[daron1337]

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